לקרן השתלמות אין תקרה. מקובל לומר תקרה על הגובה שממנו לא נותן מס הכנסה הטבות למפקידים לקרן. התקרה נקבעת לפי השכר המקסימלי, אשר מעבר לו, לא זוכה החוסך בהטבות מס. כיום תקרת השכר לשכירים הינה 15,712 ש"ח לחודש ולעצמאים 12,700 לחודש. התקרה מתעדכנת מדי תקופה, אך השינויים לרוב אינם משמעותיים. העובד יכול להפריש יותר מהתקרה, אך הכספים שמעבר לתקרה יחויבו במס שולי כמו שמחויב שאר שכרו של העובד שאינו מופקד בקרן.
מס הכנסה מעניק הטבות מס עד גובה מסוים כאמור. מעבר לגובה זה, הפקדה לקרנות השתלמות איננה זוכה להטבות מס ולכן יש לבחון אותה מול אמצעי חיסכון אחרים. המיסים מכים בחוסך פעמיים: פעם אחת בעת ההפקדה, הסכום שמעבר לתקרת קרן ההשתלמות מחויב במס הכנסה, פעם שנייה בעת משיכת הכספים, על הרווחים יש מס רווח הון בגובה של 15% מהרווח שנוצר (זאת, בדומה לאפיקי השקעה אחרים).
השוואה בין אמצעי חיסכון מראה כי הפקדה לקרן השתלמות הינה הפקדה קשיחה יחסית – יש להמתין שש שנים לשחרור הכספים. זאת לעומת חיסכון בפיקדונות, מניות, ואפיקים אחרים נזילים בהרבה. לאחר שניטלה מהקרן הטבת המס, היא הופכת למכשיר חיסכון מגביל שלרוב ניתן למצוא עדיפים ממנו.
ריבוי של חסכונות מייצר ריבוי של פעולות בחשבון וקושי לנהל את החסכונות. אם השקעת בבחירת קרן השתלמות טובה (כלומר בעלת תשואה גבוהה וסיכון סביר – ראה, השוואת קרנות השתלמות), הרי שהחיסכון שלך בידיים טובות. אם ביכולתך לחסוך מעבר לתקרת קרן ההשתלמות, כדאי לך לנצל את האפיק הנוח המוריד את החיסכון ישירות מהמשכורת לחיסכון זה.
בנוסף, לעיתים רבות מגיעים להבנות עם המעסיק על גובה חיסכון לקרן השתלמות שהינו אחוז מהמשכורת. בהנחה שהמעסיק לא הגביל את התקרה בעצמו, כאשר המשכורת שלכם תעלה מעבר לתקרה, כך גם החיסכון של המעסיק יהיה מעבר למה שמזכה בהטבות מס, אך עדיין הינו חיסכון שהמעסיק מעניק לכם. ישנה הנחה כי קל יותר להוציא מהמעסיק גידול בשכר דרך קרן השתלמות, מאשר דרך המשכורת עצמה. על כן, יש הסבורים כי אין לעורר רעש ולבקש מהמעסיק להפנות את ההפקדות "העודפות" שמעבר לתקרת הקרן לשכר עצמו, והם דוגלים בהמשך הפקדה של הסכומים על ידי המעסיק לקרן. יש לזכור כי המיסים שמוטלים על ההפקדות, אינם מיסים עודפים ואם לא נפקיד את הכסף בקרן השתלמות אלא באפיק חיסכון אחר (שחייב במס רווח הון), עדיין נישא במיסים אלו.
לסיכום, תקרת קרן השתלמות איננה תקרה אמיתית, אלא בחירה של החוסך שלא להפקיד כספים מעבר לגובה שממנו מס הכנסה איננו מעניק הטבות מס.